Сразу оговорюсь, что все советы субъективные и написаны с «моей колокольни», поэтому не обязательны к исполнению, но для повышения общего уровня знания вполне подойдут.
1. Ставить задачи согласно специальности сотрудника.
Есть такое понятие «Тыжпрограммист», многие считают, что человек связанный с айти сферой должен уметь все от починки телевизора до разработки собственной операционной системы. Это заблуждение. Завис компьютер, не печатает принтер – вопросы к системному администратору. Сбой в программе, нужно подключит какой-то модуль – отдел разработчиков. Проблемы с сайтом, необходимо доработать функционал – web-специалист в помощь. Безусловно каждый может сделать не свою работу, но это как минимум займет больше времени, не даст должного результата и снизит авторитет руководителя в глазах it-отдела.
Так же данную информацию стоит донести до всех сотрудников компании. Чтобы свои запросы и проблемы отправляли по назначению, не отвлекая от профильной работы специалиста.
2. Оборудование.
Не стоит жалеть средств на техническое обеспечение информационного отдела. Это единственный отдел, в котором подобные траты оправданы более чем на 50 процентов. Я не говорю про игровые видеокарты и прочие «приблуды», но ПК или ноутбуки должны быть не старше нескольких лет.

3. Организация рабочего места.
Не стоит расставлять мебель и ограничивать пространство it-отдела согласно Вашему пожеланию. Айтишники народ своеобразный и пусть столы будут стоять криво и косо, создавая неприятную для глаза обычного человека картину, значит им так удобно и комфортно. В этом нет ничего страшного.

Это же касается и одежды. Не стоит загонять "кодеров" в костюмы тройки. Работать в них неудобно, могу сказать на своем личном опыте. А так как айтишники в основном не публичные люди, то плохо от этого никому не будет.
4. Местоположение офиса.
Это скорее касается it фирмы, чем отдела. Не надо арендовать офис в бизнес-центре. Лучше сделать это в спальном районе, на первом этаже или даже не на первом. Чем тише и уютнее, тем больше КПД. Это же касается и рабочего времени, не стоит начинать рабочий день программистов в восемь утра. 10 – 11 часов вполне оптимально, сотрудники будут Вам благодарны.
Ряд простых советов, которыми можно воспользоваться для увеличения эффективности работы айти отдела и повышения своего авторитета у специалистов it направления. Еще раз повторюсь, это мой взгляд, как человека, который работает внутри системы.